通勤手当の非課税限度額と社会保険の扱い

通勤手当は、公共交通機関の利用なら月15万円まで所得税が非課税です。ただし「非課税＝何にも影響しない」ではありません。社会保険の標準報酬月額には通勤手当が含まれるため、等級が上がって社会保険料が増えることがあります。この記事では、非課税限度額のルールと社会保険・雇用保険での扱いを実例つきで解説します。

所得税の非課税限度額

通勤手当の所得税の扱いは、通勤手段によって次のように分かれます。

• 電車・バスなどの公共交通機関 — 合理的な運賃の範囲で月15万円まで非課税。新幹線通勤なども合理的な経路・方法であれば対象になります。
• マイカー・自転車などの交通用具 — 通勤距離に応じた非課税限度額が定められています。具体的な金額の表は国税庁「通勤手当の非課税限度額」を参照してください。

非課税限度額を超えて支給した部分は給与として課税され、源泉徴収の対象になります。給与計算では、通勤手当を「非課税分」と「課税分」に分けて登録するのが基本です。

落とし穴 — 社会保険の標準報酬月額には含まれる

ここが通勤手当の最大の落とし穴です。所得税で非課税の通勤手当も、社会保険（健康保険・厚生年金）の標準報酬月額の算定には含まれます。

標準報酬月額は基本給だけでなく通勤手当などの各種手当を含めた報酬月額を等級表に当てはめて決まるため、通勤手当を加えた結果として等級が1つ上がり、健康保険料・厚生年金保険料が毎月増えることがあります。「非課税だから保険料にも関係ない」という思い込みは、算定基礎届や入社時の資格取得届で通勤手当を漏らすミスにつながります。

実例 — 通勤手当2万円で保険料はいくら変わるか

月給30万円の従業員に通勤手当2万円（月額）を支給すると、報酬月額は32万円となり、標準報酬月額が30万円から32万円に上がるケースでは本人負担は次のように変わります（東京都・令和8年度、労使折半後の本人負担額）。

健康保険料だけでも月985円、厚生年金と合わせると月2,815円の負担増です。40〜64歳であれば、これに介護保険料（全国一律1.62%・労使折半）の差も加わります。通勤手当は本人の実費補填の性格が強い一方で、社会保険料には確実に反映される——この非対称を押さえておくことが重要です。

雇用保険料は実際の支給額ベース

雇用保険料は健康保険・厚生年金と仕組みが異なり、標準報酬ではなく実際に支給した賃金額（通勤手当込み）に料率を掛けます。令和8年度の本人負担率は一般の事業で0.5%（建設・農林水産・清酒製造は0.6%）です。

月給30万円＋通勤手当2万円の場合、雇用保険料の本人負担は32万円 × 0.5% ＝ 1,600円となります。通勤手当が変わった月は雇用保険料もその月から変わる点が、等級制の健康保険・厚生年金との違いです。

給与計算実務でのチェックポイント

• 非課税・課税の区分登録 — 公共交通機関は月15万円、マイカー等は距離に応じた限度額を超える部分を課税扱いにする。
• 標準報酬月額への算入 — 資格取得時・算定基礎届・月額変更届のいずれでも通勤手当を含めて報酬月額を計算する。数ヶ月分をまとめて支給する定期券代は月割りして算入する。
• 雇用保険料は毎月の実支給額で計算 — 通勤手当込みの支給額に料率を掛ける。

本記事は一般的な情報提供です。個別の事情については税理士・社会保険労務士等の専門家にご確認ください。